Программное обеспечение для морфометрии изображений биологических препаратов

Программное обеспечение для  морфометрии изображений биологических препаратов – мощный универсальный инструмент, позволяющий напрямую управлять процессами ввода изображений, сканированием препаратов, а также  автоматизировать методики рутинного анализа изображений биологических препаратов и образцов: подсчет количества, измерения и классификацию клеток, определение ядерно-цитоплазматического отношения, плоидности по Фельгену, вычисление площади и объемной доли составляющих в биологических тканях и мн. др.

 

Основные возможности программы:

Основу программы составляют методики – настраиваемые и сохраняемые последовательности операций по обработке изображения, выполняемых в автоматическом режиме.

Программа содержит набор методик, предназначенных решения для наиболее часто встречающихся задач анализа изображений.

При необходимости пользователь может адаптировать любую из методик под свою задачу, изменив настройки работы методики.

 

  1. Архивирование
  2. Расширенный фокус
  3. Сшивка живого видео
  4. Улучшение качества
  5. Ручные измерения
  6. Распределение по параметру
  7. Процент количества
  8. Стереометрия
  9. Оптическая плотность с указанием фона вручную
  10. Оптическая плотность с вводом фоновых полей
  11. Оптическая плотность с вводом эталонов
  12. Изменение во времени

 

В комплект поставки могут входить специализированные методики, разработанные для решения специальных задач пользователя. Специализированные методики могут быть включены в программу на коммерческой основе. Данные методики защищены с помощью электронного ключа, и не могут быть изменены.

На настоящий момент поставляются следующие дополнительные методики:

  1. Плоидность
  2. Ядерно-цитоплазматическое отношение
  3. Ретикулоцитометрия
  4. Подсчет колоний
  5. Измерение частоты
  6. Процент количества жизнеспособных клеток

 

Методики представляют собой сохраняемые и изменяемые в соответствии с задачей пользователя последовательности обработки изображения. В методику могут быть включены любые из ключевых и дополнительных функций программы.

 

Ключевые функции программы:

  • Ввод изображений с помощью телевизионных и цифровых камер (в том числе 8, 10, 12, 16 битных), сканера, открытие изображений из файлов, копирование из буфера.
  • Выделение области интереса на изображении.
  • Преобразование изображений с помощью фильтров (повышение яркости, контраста и визуального качества исходного изображения, морфологические преобразования).
  • Выделение объектов и фаз на изображении по яркости и цвету в автоматическом режиме.
  • Автоматическое измерение выделенных объектов по параметрам площади, размера, формы, положения, движения, цвета, оптическим и пользовательским параметрам.
  • Проведение ручных измерений (линейные, угловые, радиус окружности, подсчет количества объектов и т.д.).
  • Автоматическое измерение объектов, нанесенных на изображение вручную.
  • Функция калибровки программы для проведения измерений площади и размера объектов в реальных величинах.
  • Представление результатов измерений в табличной форме.
  • Широкие возможности классификации объектов.
  • Детальный статистический анализ полученных данных, в том числе построение гистограмм распределения, графиков зависимости, расчет стереологических параметров.
  • Передача изображений и полученных результатов во встроенную базу данных.
  • Сохранение изображений и полученных результатов, вывод на печать в виде стандартных отчетов.

 

Дополнительные функции программы:

  • Работа с серией изображений, относящихся к одному эксперименту, образцу или препарату. Получение объединенных данных статистического анализа по результатам обработки изображений нескольких полей зрения.
  • Нанесение на изображение графики (текстовых комментариев, стрелок, калибровочных маркеров).
  • Сшивка «живых» изображений полей зрения с получением единого панорамного изображения.
  • Получение резкого изображения из серии изображений, части которых находятся не в фокусе.
  • 3D реконструкция изображения по яркости.
  • Анализ яркостных разрезов.
  • Экспорт таблицы данных в MS Excel.
  • Пользовательские установки критериев набора достаточности данных.

Для работы в интерактивном режиме доступна версия программного обеспечения для ручных измерений.

 

Основные возможности программы:

  • ввод изображений с помощью телевизионных и цифровых камер (8, 10, 12, 16 битных), сканера, открытие изображений из файлов, копирование из буфера;
  • работа с серией изображений, относящихся к одному эксперименту, образцу или препарату, и результатами их измерений в составе одного документа;
  • сохранение серии изображений с результатами измерений в одном документе;
  • преобразование изображений с помощью фильтров;
  • нанесение на изображение текста, графики, а также фигур и линий для выделения интересующих элементов, возможность обмена графикой между изображениями;
  • автоматическая «сшивка» изображений;
  • получение резкого изображения из серии изображений, части которых находятся не в фокусе;
  • линейные и угловые измерения, подсчет количества объектов;
  • автоматические измерения для нанесенных вручную контуров объектов (около 40 параметров);
  • статистическая обработка результатов измерений, передача данных в MS Excel;
  • возможность создания многостраничных отчетов;
  • сохранение изображений и данных, вывод на печать